Cơ cấu tổ chức của MCD cũng có nhiều thay đổi đáng kể. Cơ cấu mới được hình thành là kết quả nỗ lực của toàn thể cán bộ MCD trong việc chuyển từ cơ cấu dựa vào dự án sang cơ cấu dựa vào những mảng hoạt động chuyên môn của tổ chức.

Sau buổi họp của toàn thể nhân viên MCD và nhiều buổi hội thảo và gặp gỡ khác, cán bộ MCD đã đi đến thống nhất về một cơ cấu tổ chức mới bao gồm năm phòng ban chuyên môn: Quản lý Vùng bờ, Phát triển Cộng đồng, Nghiên cứu và Phát triển, Truyền thông và Tác động chính sách và Hành chính Tổng hợp.

Cơ cấu này giữ vai trò quan trọng trong việc quản lý các dự án của MCD, tạo điều kiện để MCD hợp tác chặt chẽ và hiệu quả hơn với các bên liên quan, các đối tác, nhóm kĩ thuật và tổ chức khác. Theo cơ cấu này, cán bộ MCD cần chú trọng hơn trong việc rèn luyện kĩ năng lập kế hoạch chiến lược và lập kế hoạch cho dự án dựa trên khung của cơ cấu tổ chức mới.

Bên cạnh đó, nhằm duy trì và củng cố sự lớn mạnh và phát triển bền vững của tổ chức, MCD chú trọng vào việc xây dựng năng lực và bồi dưỡng kiến thức cho cán bộ của mình thông qua hình thức tập huấn kỹ năng và các buổi hội thảo chuyên đề khoa học.

Đến cuối năm 2007, nhân sự của MCD đã lớn mạnh cả về số lượng lẫn chất lượng. Đội ngũ MCD hiện nay gồm 16 cán bộ người Việt Nam và 3 cố vấn nước ngoài.

Năm 2007 thực sự là một năm với nhiều thay đổi có ý nghĩa to lớn và mang tính quyết định đối với tương lai của tổ chức và sứ mệnh mà MCD đang nỗ lực thực hiện.

Ban Giám đốc MCD