Sau khi điều chỉnh cơ cấu tổ chức, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có 19 tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm: Vụ Kế hoạch; Vụ Tài chính; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Pháp chế; Thanh tra Bộ; Văn phòng Bộ; Tổng cục Lâm nghiệp; Tổng cục Thủy sản; Tổng cục Thủy lợi; Cục Trồng trọt; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Chăn nuôi; Cục Thú y; Cục Chế biến, Thương mại nông lâm thủy sản và nghề muối; Cục Quản lý Xây dựng công trình; Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn và Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
5 tổ chức sự nghiệp trực thuộc Bộ gồm: Trung tâm Tin học và Thống kê; Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn; Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia; Báo Nông nghiệp Việt Nam và Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn./.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ngày 14/09/2009